Η υδατοκαλλιέργεια περιλαμβάνει την ελεγχόμενη καλλιέργεια ψαριών, μαλακίων και καρκινοειδών.
Ωστόσο, η παραγωγή εντός της ΕΕ ήταν μικρότερη από εκείνη της Νορβηγίας, όπου παρήχθησαν 1,6 εκατομμύρια τόνοι υδρόβιων οργανισμών, το μεγαλύτερο μέρος των οποίων ήταν σολομός εκτροφής.
Η παραγωγή στην ΕΕ επικεντρώνεται κυρίως σε είδη πτερυγίων (όπως η πέστροφα, η τσιπούρα, το λαβράκι, ο κυπρίνος, ο τόνος και ο σολομός) και τα μαλάκια (συμπεριλαμβανομένων των μυδιών, των στρειδιών και των αχιβάδων), τα οποία μαζί αντιπροσώπευαν σχεδόν το σύνολο της παραγωγής υδατοκαλλιέργειας κατά βάρος το 2021. Διαφορετικοί υδρόβιοι οργανισμοί έχουν διαφορετικές τιμές. Η αξία παραγωγής πέστροφας και λαβρακιού το 2021 ήταν υψηλότερη από άλλα είδη στην ΕΕ (το καθένα αντιπροσωπεύει μερίδιο 14% της συνολικής αξίας της υδροκαλλιέργειας της ΕΕ το 2021).
Υπάρχει υψηλός βαθμός εξειδίκευσης στην υδατοκαλλιέργεια εντός της ΕΕ. Η Ισπανία παρήγαγε περίπου 7 στους 10 τόνους εκτρεφόμενων μεσογειακών μυδιών της ΕΕ το 2021. Η Γαλλία εκμεταλλεύτηκε τα περισσότερα στρείδια της ΕΕ (88% του συνόλου) και ήταν ο κύριος προμηθευτής των εκτρεφόμενων μπλε μυδιών της ΕΕ (45% του συνόλου). Η Ιταλία παρήγαγε τη συντριπτική πλειονότητα (92%) του εκτρεφόμενου ιαπωνικού κελύφους χελιού της ΕΕ.
Ο εκτρεφόμενος ερυθρός τόνος του Ατλαντικού παρήχθη περισσότερο στη Μάλτα (72% του συνόλου της ΕΕ), ενώ η Ιρλανδία ήταν υπεύθυνη για το σύνολο σχεδόν του εκτρεφόμενου σολομού το 2021 (96%).