Σύμφωνα με την ΚΥΑ που δημοσιεύτηκε στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, το Πρόγραμμα έχει ως σκοπό τη διερεύνηση, στα ιπποειδή, τα άγρια πτηνά και σε άλλα ευαίσθητα στον Ιό του Δυτικού Νείλου ζώα, της κυκλοφορίας του ιού του Πυρετού του Δυτικού Νείλου. Αρχικός σκοπός του Προγράμματος ήταν η διερεύνηση της επιδημίας, η οποία εκδηλώθηκε κατά συρροή, σε ανθρώπους για πρώτη φορά στη χώρα μας το καλοκαίρι του έτους 2010.

Η εφαρμογή του Προγράμματος συνεχίστηκε χωρίς διακοπή έως και το έτος 2018 και αποσκοπεί στον προσδιορισμό: 

α) της πιθανής προέλευσης και των δεξαμενών (reservoirs) του ιού, ιδίως στα άγρια πτηνά,

β) των γεωγραφικών περιοχών της χώρας που αποτελούν περιοχές υψηλού κινδύνου, των περιοχών όπου το νόσημα είναι πιθανό να γίνει ενδημικό, λόγω διατήρησης του ιού σε γηγενείς πληθυσμούς άγριων πτηνών, και των περιοχών όπου συμβαίνει αφανής κυκλοφορία του ιού (παρουσία του ιού χωρίς κλινικά κρούσματα σε ανθρώπους ή ζώα).

Αξιολογώντας τα αποτελέσματα της επιτήρησης, καθώς και κάθε άλλο διαθέσιμο σχετικό στοιχείο (π.χ. πληροφορίες εντομοεπιτήρησης), οι αρμόδιες αρχές για την επιτήρηση του Πυρετού του Δυτικού Νείλου, τόσο στον άνθρωπο όσο και στα ζώα, μπορούν να εκτιμήσουν τη γεωγραφική έκταση της επιδημίας, ενώ εξάλλου, έχουν τη δυνατότητα να προσαρμόσουν ανάλογα, τα υφιστάμενα μέτρα ελέγχου, επιτήρησης και πρόληψης της νόσου, για τη διασφάλιση της Δημόσιας Υγείας και της Υγείας των Ζώων.

Οι στόχοι του Προγράμματος είναι: 

α) η Καταγραφή όλων των εκτροφών ιπποειδών της χώρας,

β) η Παθητική Επιτήρηση για τον Πυρετό του Δυτικού Νείλου στα ιπποειδή και στα άγρια πτηνά και σε άλλα ευαίσθητα στον Ιό του Δυτικού Νείλου ζώα (άλλα πτηνά ευαίσθητα στον Ιό του Δυτικού Νείλου, κατοικίδια σαρκοφάγα), σύμφωνα με τα όσα περιγράφονται στα Παραρτήματα Β και Γ,

γ) η Ενεργητική Επιτήρηση του Πυρετού του Δυτικού Νείλου στα ιπποειδή και τα άγρια πτηνά, σύμφωνα με όσα περιγράφονται στα Παραρτήματα Β και Γ.

Δείτε αναλυτικά τους Φορείς και πίνακες με τις περιοχές εφαρμογής του προγράμματος εδώ.