Οργανικές ενώσεις, όπως φύλλα και ακρορρίζια, διασπώνται σε απλούστερες ενώσεις από οργανισμούς που ζουν στο έδαφος για να μπορέσουν να χρησιμοποιηθούν από φυτά. Ορισμένα βακτήρια εδάφους μετατρέπουν το ατμοσφαιρικό άζωτο σε ανόργανο άζωτο, το οποίο είναι αναγκαίο για την ανάπτυξη των φυτών.
Τα λιπάσματα προσθέτουν άζωτο και φωσφορικά άλατα για την προώθηση της ανάπτυξης των φυτών, όμως τα φυτά δεν δεσμεύουν ολόκληρες τις ποσότητες αυτών των ουσιών. Η περίσσεια μπορεί να καταλήξει σε ποταμούς και λίμνες, επηρεάζοντας τη ζωή στα υδάτινα αυτά οικοσυστήματα.